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　　（三）投入指标与产出指标比例失衡
　　美国竞争力委员会2004年12月在《创新美国：在竞争与变化的世界中繁荣》的研究报告中提出创新评价指标体系经历了四个阶段：第一阶段主要以投入指标为主；第二阶段强调了产出指标并将其作为投入指标的补充；第三阶段将创新指标指数建立在创新调查和公共数据整合基础之上，更加突出国家和地区的创新能力；第四阶段以创新环境、创新条件、创新过程为创新指标。进行比较分析可以看出目前我国创新型城市评价体系还处于初级阶段：产出指标居多，投入指标较少涉及。在一个评价体系中，如果只有产出指标，不能由此看出其驱动因素；如果只有投入指标则不能看出一个城市创新的成果。评价的目的是为了更好地建设创新型城市，然而很多城市却是为了评价而评价。应将投入与产出指标相结合，这样既能够看出创新型城市建设的成果，又能使政府部门明白从何入手去改善，从而明确建设的方向。
　　（四）缺乏对软件指标的考虑
　　现代创新理论的提出者熊彼特认为创新不仅是技术创新，还包括制度创新。2005年，世界银行发表了关于"东亚创新型城市"的研究报告，提出了成为创新型城市的9大先决条件，其中不仅包括了优良的交通电信基础和场所设施这些硬件条件，还将政府治理有效、服务高效、社会多元等软件条件纳入进来。由此可见，创新型城市评价体系不仅要关注技术创新指标还要考虑制度创新指标，不仅要包括硬件指标还要囊括软件指标。目前我国缺乏软件指标设计，更多指标偏向于如发明专利数、高新技术产业产值等硬件指标的测度上。
　　创新型城市评价体系的改进
　　（一）以惠及民生为核心目标构建评级体系
　　为防止创新能力评价指标与民生目标相脱节，笔者认为在传统的基于知识创新能力、技术创新能力、产业创新能力、制度创新能力、服务创新能力和创新环境等设置的评价体系之外，增设一级民生指标，包括收入分配、就业、医疗、社会保障等构成要素，各要素下分设次级指标，如：人均GDP增长率、城乡居民收入增长幅度、基本保险各覆盖率、城镇登记失业率等。指标设置前，要求设置者考虑一项创新能力指标是通过影响民生指标中的哪个要素以及如何影响来实现惠及民生目标的，如果某项创新评价指标与民生目标联系紧密则应将其纳入到评价体系中，相反如果某项创新评价指标与民生目标联系较小或基本无联系则可以考虑将其从评价体系中略去。从而使各项创新能力指标都围绕着民生目标（见图1），保证创新型城市的建设不违背惠及民生的目的。
　　（二）根据城市的资源禀赋设置差异化评价体系
　　要求指标制定者深入了解我国各城市的特点和优势，提炼出城市优势类别，如文化、工业、服务、科技等，将其定义为城市主导创新能力，然后以主导创新能力为重点分别设置不同的评价体系，做到强化主导创新能力，弱化非主导创新能力，凸显各城市特色。各个城市要对自身的资源禀赋有清晰的认识，明确本城市所处的城市类型，是资源型城市、科技型城市还是服务型城市，进而选取适合本城市的评价体系，保证评价体系在选取上的柔性，既能提高各个城市加快创新型城市建设的积极性，使各城市谋划创新重点，发挥独特创新资源优势，选择发展战略，又能优化创新资源的分配。
　　（三）投入与产出指标相融合构建因果关系的指标体系
　　投入与产出指标对于评价体系来说具有同等重要的地位，后者显示了构建创新型城市的效果，前者说明了达到某种效果所利用的手段和经历的途径。首先，创新型城市评价体系中每个创新能力都应该由投入与产出指标构成，缺少任何一方都不能全面地评价某一项创新能力。其次，投入与产出指标并不是孤立存在的，两者存在着密切的联系，要求指标设置者在构造评价体系时，建立投入指标与产出指标之间的关系，形成以投入指标为因，产出指标为果，充满因果关系的指标体系。当某项产出指标较高时，通过投入产出的因果关系，就能很清晰地看到是哪些投入带来的高产出，从而鼓励政府部门加强对这方面的投入；当某项产出指标过低时，同样可以通过两者之间的因果关系，明确是哪些投入指标所致，帮助政府部门找出改善的方向。图2以城市科技创新能力为例，说明了科技投入与产出指标之间的因果关系。
　　（四）兼顾硬件指标与软件指标
　　在一个评价体系中仅有投入与产出指标是不够的，不难看出投入指标反映的是为建设创新型城市而投入的财力、物力和人力，产出指标是对创新型城市建设成果的量化，因此，投入与产出指标在很大程度上属于硬件指标。硬件指标是对创新型城市建设的定量评价而软件指标则是定性评价，城市创新建设中存在着大量不能用具体数据体现的创新因素，而缺少这些创新因素又会导致评价指标缺乏全面性，这时就需要由软件指标作为补充。因此在设计了投入与产出指标后，每一项创新能力下都应增设软件指标，使硬指标与软指标相结合从而全面反映城市的创新能力。例如，在文化创新能力下设置文化创新软件指标：文化包容度，与文化投入产出指标相并列，并将反映文化包容度的非户籍人口比重、创业风险投资机构数量等作为三级指标纳入进来，如表1所示。
　　结论
　　综上所述，创新型城市评价体系要紧紧围绕民生目标，考虑各个城市不同的资源禀赋设置评价体系，保证投入指标与产出指标、硬件指标与软件指标的均衡。这样不仅科学全面地对创新型城市建设效果进行了评价，而且对政府部门制定创新型城市战略目标和发展计划指明了方向。
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