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　　（二）强制标识制度对产品价格的影响
　　提高转基因食品的价格。食品行业的进入退出门槛一般较低，竞争一般比较激烈。因此，食品的销售价格会无限趋近于其边际生产成本。在上文中分析了，转基因食品的边际成本会上升，因此其价格自然会上升。
　　非转基因食品的绝对价格会上升，但是其相对价格会下降。所谓绝对价格是指相对于没有强制标识制度时的价格，由于生产成本的上升，其价格会上升。而其相对价格是说相对于转基因食品的价格。 一方面，从成本增量的角度看，转基因食品生产成本增加值可能更多，同时即使在相同成本增量的情况下，由于转基因食品原来的成本较低，其增加幅度也更大。另一方面，对要求转基因食品进行强制标识，会让消费者形成一种转基因食品存在安全问题的暗示，导致消费者对转基因食品评价变低，也就是让消费者认为转基因食品的价格更高，非转基因食品价低。  
　　（三）强制标识制度市场效率的影响
　　市场效率通过社会总剩余、生产者剩余和消费者剩余体现出来。社会总剩余减低则代表了市场运行效率的降低。在上文强制标识制度对食品成本和价格分析的基础上，进一步可以分析出强制标识制度对市场效率的影响。
　　对社会总剩余的影响。从上文可知，强制标识制度会导致转基因食品和传统食品的绝对价格都上升，在既有收入的条件下，价格的上升必然使整个市场规模缩小，减低社会总剩余，对市场运行效率产生不利影响。
　　对生产者剩余的影响。市场上存在两类生产者，一类生产转基因食品，一类生产非转基因食品，强制标识制度对他们剩余的影响是不同的，这也是为什么他们对于强制标识制度产生不同态度的原因。如果没有强制标识制度，转基因食品相对于非转基因食品具有成本、价格上的优势。在实行强制标识制度后，转基因食品的价格上升，非转基因食品的价格下降。所以最后转基因食品生产者获得的剩余在总剩余的基础上进一步减少，而非转基因食品生产者在总剩余减少的基础上所获得的生产者剩余很可能变大。因为食品这种商品是缺乏弹性的，所以其总剩余减少的量有限。但是因为非转基因食和转基因食品相互间有很强的替代性，因此最后出现的结果就是原属于转基因食品生产者的剩余向非转基因食品生产者转移。这里需要说明的是，这种将生产者区分为转基因食品和非转基因食品生产者只在一定的时间范围内有效。长期来看，因为食品行业进入、退出门槛低，生产者在利润的驱动下，往往可以在两类行业间自由流动，也就无所谓转基因食品生产者和非转基因食品生产者。但是转基因食品和非转基因食品行业会一直存在，因为非转基因食品行业更加有利可图，所以社会的资源会流向效率低的非转基因食品生产行业，而转基因技术的优势得不到充分应用。
　　对消费者剩余的影响。首先，由于价格上升，市场规模萎缩，消费者所获得的总的剩余会减少。其次，对于市场上的消费者大致可以分为三类：一是偏好转基因食品的消费者，二是对转基因食品持无所谓的态度的消费者，三是偏好非转基因食品者。对于对非转基因食品或者转基因食品有特殊偏好的一类和三类消费者来说，他们所获得的剩余在总剩余减少的基础上可能会上升，上升的幅度取决于他们对偏好的程度，对某类食品的偏好越强，他们获得的消费者剩余上升的幅度越大。因为他们可以花更少的时间轻易辨别出转基因食品或者非转基因食品，也就是他们对于他们来说商品的价格是相对下降的。特别是对于那些对转基因食品是否安全存在疑问的消费者，由于消除了顾虑，消费同样的食品，他们会获得更大的满足，也就是得到更多的剩余。对于第二类消费者来说，他们是最不幸的一类人，因为他们没有从强制标识制度中得到任何好处，却承担了食品价格上升带来的成本，他们所获得的剩余会减少。
　　（四）实质等同原则与消费者剩余
　　实质等同原则，将转基因食品与传统食品在遗传表现特性、组织成分等方面进行比较， 倘若两者之间没有实质性差异， 则认为不需要对其进行特别管理。所以实质上那些对转基因食品安全性的顾虑完全的没必要的。 因此对于上文提到的第三类消费者所获得剩余的增加，其实是一种失而复得的“增加”，也就是根本没有产生消费者剩余的增量。如果不采取强制标识制度，他们不清楚其购买到的食品是否含有转基因成本，不会因为转基因食品特别的标识而产生对转基因食品特别的怀疑，也就不会有所谓消费者剩余的“失”，也不会有所谓的消费者剩余的“得”。
　　三、强制标识制度中的公平问题