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　　2.1突出审计监督在科研费监督管理中的主导地位
　　由于审计监督的独立性、权威性特点，审计监督不仅可以对科研费活动的各个部分进行监督，对科研费运行的各个环节进行监督，同时能对其它形式的监督工作进行再监督，因此它是确保科研费监督质量的关键。加强对科研费的监督，必须充分发挥审计监督的主导地位。首先，应完善现行的科研费审计的法规制度，以制度的形式明确科研费审计监督的主体地位，细化科研费审计监督的职责、权限、范围等，强化审计监督的检查权和调查权，实现科研费审计监督的规范化与法制化。其次，要实现重大科研项目审计监督的全覆盖。从目前审计力量编配的现状来看，难以要求审计监督覆盖到全部科研项目或所有科研管理部门和科研单位。因此，科研费审计应重点选择占用科研经费较多的国家或军队的重大科研项目以及掌管科研费数量巨大的管理部门与科研单位，实现对重大科研项目审计监督的全覆盖，保证国家或军队重大科研计划的完成。对其他科研项目或经费量少的单位或部门采取定期或不定期抽审的方式，通过审计的威慑作用来实现审计监督的效果。
　　2.2切实发挥其他监督形式的促进作用
　　只依靠审计部门的监督，要使监督范围覆盖每个角落、各个环节，从客观上讲不现实也不可行。要把有限的力量用到最需要的地方，同时保证各项监督任务的全面落实，离不开各种监督形式的综合运用。首先，要坚持上级科研主管部门对科研费的跟踪监督。上级主管部门要按照相关的科研经费管理办法，切实履行职责，通过专项审计、中期财务检查、财务验收、绩效评价等多种方式，对科研课题承担单位的预算申报、预算执行以及科研经费的使用管理情况进行全程跟踪检查、监督与指导，防止科研费管理中只注重投入，忽视过程及结果管理，杜绝各类违法违规使用科研经费的行为，维护财经法规的严肃性，切实提高科研经费的投入产出效益。其次要加强财务的日常监督。项目承担单位的财务部门要坚持服务与监督并重的基本原则，依据科研合同、计划预算与经费的开支范围等，严格审查每一笔支出，发现问题，及时指出，确保科研费开支的真实、合法与有效。同时要充分利用好社会监督。科研主管部门应当对非涉密项目预算安排、项目绩效及科研经费使用中的违法违规行为进行公示，以接受公众及舆论的监督；项目承担单位应当建立项目信息公开制度，在单位内部对课题组人员构成、项目设备购置、预算调整、外拨经费、间接费用使用情况等进行公开，在最大范围内接受被监督单位的群众监督。并通过建立正常的举报反映渠道、核实反馈制度以及保密保护制度等，保护群众监督的积极性。
　　3实现科研费的监督重心的适时转变
　　3.1实现主要由事后监督向事前、事中、事后综合监督转变
　　从各发达国家对科研经费实施监督的情况来看，均是事前、事中和事后监督相结合，三者相辅相成，以提高监督的效率。事前监督是科研费监督主体对监督对象所进行的科研费使用开支之前的监督，实际作用在于减少事中和事后监督的盲目性以及防患于未然，其重点是对科研立项论证、需求测算以及预算方案的监督。这是确保整个经费使用过程合理高效的一个非常关键的环节，只有列入年度预算的科研项目才能进行开支。在审查调整预算时，既要考虑预算的限额，同时还要考虑科研中长期规划和年度计划草案，将监督关口前移，从源头上控制随意调整、盲目测算、重复立项等问题。事中的监督在于对不当行为进行监督，它也是监督机制中不可或缺的一个环节，失去了事中监督，整个监督机制就会变成一个问责机制。事中监督主要表现为监督主体对科研费使用情况进行检查以及对不当、违规行为的制止。事后监督的主要任务是发现问题从而追究责任，查明原因从而堵塞漏洞。将事前、事中和事后三种监督方式有机地结合起来，才能更好地发挥监督实效。
　　需要注意的是，对科研费进行监督，需要监督主体预防不当的预算、违规的开支使用经费等行为的发生，并非仅在不当行为发生之后去追究责任，从根本上讲，并不是希望出现许多问题而突出监督的重要性，更不只是"挑毛病"，而是希望把有限的经费用好。不能以"查出了多少问题"来衡量监督工作的好坏，监督工作不光要看不当行为出现后的查处力度，更要认清其"保健作用"，将"不出现问题"作为监督工作的最高标准。因此，要将监督的重心调整到事前、事中、事后综合监督上来，做到适时预防、随时发现、及时整改问题，从而实现以监督促进管理，以管理提高效益的目的。
　　3.2实现由"形式监督"向"实质监督"转变
　　在监督过程中应该贯穿"实质监督"思想，。从目前全国暴露的一些典型的案件来看，各种违规违纪行为已披上"依法办事"的外衣，其形式上都是合法的、合理的。因此，加强科研费开支的监督，一方面要监督发票、合同等原始凭证是否真实、相关手续审批是否完整以及各种要素是否齐全，另一方面，更要监督是否利用我国当前商业票据管理的漏洞，将不当的开支转换为合法的开支。防止科研费运行的整个过程中，只从数额上监督有无超出预算，从账目上检查是否符合规定，对开支的真实性却缺少监督约束，杜绝监督检查走形式、挪用滥用经费现象合法化。