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　　行政许可具有控制危险、合理配置资源、提供公信力证明的积极功能，不过同时也不可避免地对社会生活产生一些负面影响，根据行政许可的负面特征，可以归纳出行政许可的消极功能主要为以下三种：
　　（一）形成垄断
　　行政许可的资源分配方式是将公共物品排他性地分配给特定社会成员，即只有获得行政许可的群体才能使用这一公共资源，而且这种排他性的占有具有稳定性和持续性，所以即使是通过竞争手段取得的，垄断也不可避免。这种垄断表现为两种形式： 一是完全排他性垄断，指的是某一公共资源一旦由被许可方使用或者拥有，则具有完全的排他性，其他任何人在相对固定的时期内都不得使用该资源，例如对特定土地的使用、对特定公共设施的特许经营和管理、我国的食盐生产许可证、一些地方政府规定只能由一家医院开办“120”急救中心。这些许可证均属完全排他性的许可。二是部分排他性垄断，指的是本来属于社会全体共享的资源，是可以由不特定社会成员自由、平等使用的，但是任何资源相对而言都是有限的，当某一天该资源使用者的数量超过了其可承受范围，拥堵的情况再也无法容纳新成员的进入，这时本已是共享的资源则需受到限制，政府会对其设定许可，否则可能导致灾难性的后果。而享有该种资源的被许可人就转化为一个相对固定的群体，对这种资源进行垄断，未获得许可的人就被排斥在垄断集团之外，不得使用这一资源。典型的例子是城市出租车营运许可。
　　行政许可形成的垄断在区域上表现为地方垄断和行业垄断。地方垄断导致地方保护主义，各地方政府基于本地的局部利益需要，为保护本地生产者、限制外地生产者的产品进入本地而设置许可，这种许可不但阻碍了外地生产者自由贸易意志的实现，同时也抑制了本地生产者提高生产技术、增强竞争能力的积极性，形成了一种双方受损的局面。行业垄断导致行业保护现象，由行业主管部门对本部门主管的产品设定行政许可进而形成本行业企业对某种产品的行业垄断。如气象部门对气象观测仪设定生产许可制度以达到保护本行业企业生产的目的，消防部门通过规定消防器材非经允许不得生产、销售等许可形式形成行业垄断。
　　（二）限制竞争
　　许可的滥用更会导致行政干预代替市场在资源配置中的基础性作用，排斥公平竞争，遏制经济发展的活力，导致资源的闲置和浪费。
　　许可是建立在普遍限制的基础上的制度，申请人一旦取得从事某项活动的资格和能力，成为被许可人，获得了法律的特殊保护，就意味着对其他申请许可的人的排斥，客观上自然会起到抑制竞争行为的作用。具体而言，就是取得许可的人可能失去积极的竞争或进取精神，即使停滞不前，也不会马上产生危机感。而没有获得许可的那部分人，即使以后积极进取，不断改进自己，最终达到了许可的标准和条件，但是也可能会因为数额的客观限制等原因，无法再获得许可，实际上就是被剥夺了参与竞争的机会。行政许可对正常的市场竞争行为进行限制，对投资和经营设置种种障碍，妨碍了竞争秩序的形成，破坏了公平竞争的市场环境。如果行政许可形成垄断，那更会加重对竞争的限制。“完全排他性垄断者可以随意处置或使用公共资源，很大程度上可能导致资源的闲置和浪费；部分排他性资源使用者所形成的垄断集团对其既得利益也必然极力维护，禁止和抑制新的竞争者，阻止革新性因素的引进，从而使改革更加困难。” 行政许可限制竞争的这种消极功能在商业竞争和职业资格许可方面的影响尤其突出。
　　（三）滋生腐败
　　行政许可作为一种行政裁量行为，具有一定的自由裁量性，但严格而言，行政许可过程中的自由裁量必须在法定的界限和幅度之内进行，属于羁束裁量的范围，行政许可主体不会有较大的操作余地。不过由于行政许可所涉及的事项涵盖了社会生活的各个层面，范围极其广泛，而法律要与社会发展进程相适应将经历一个漫长的时期，因此行政主体在行使许可权时仍会在相当长的阶段保有非常宽泛的自由裁量空间。而且毋庸置疑的是，无论法律制度如何完善，也不可能事无巨细地将生活中的具体内容全部制定出明确、详尽的法律标准。也就是说，由于行政许可面临的纷繁复杂的社会状况，在相当长的历史时期内，立法也不可能就许可的条件和标准作出明确具体的规定，行政主体在实施许可权时，仍将拥有较大的自由裁量尺度。 对于行政许可主体而言，行使行政许可权时有了更多自由裁量的余地，必然会为腐败的滋生提供机会，如果许可主体滥用许可权，极易导致行贿受贿盛行，腐败蔓延；对行政相对人而言，由于行政许可的授益性，社会各方面必然全力争取获得许可证，非法竞争行为（包括行贿等非法手段）自然会大量出现，不可能完全禁绝。“据中纪委研究室编写的《党风廉政建设和纪检监察工作工作资料库》显示，涉及党政干部职务犯罪的50宗案件中，与行政许可有关的犯罪有45宗，占党政干部犯罪的90%。”
　　行政许可的消极功能客观上有一定的存在空间，虽然可以通过严格行政许可的各项制度来尽量化解它的消极功能，但是那属于不同层面的问题，客观上行政许可的消极功能是不可避免的。