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　　(一）基本法
　　1995年制定、实施的《科学技术基本法》是日本科学技术的基本法。
　　基本法是日本法制文本的一种表述形式。二战结束后到2012年年底，日本共制定、发布、实施40部基本法（其中有四部已宣布失效）。目前有效的36部基本法中，有18部是近10年制定的。基本法的大量出现，是日本法制形式变化的一种趋势，即日本的法律文本体系出现了从“宪法一法律”向“宪法一基本法一法律”转变的情况。基本法的作用主要是表明国家的政策理念和基本方针，并规定实行这些理念和基本方针应该采取的措施。行政部门要在基本法发布、实施后，为贯彻、落实基本法而采取更具体的行政措施。基本法有引导和诱导行政政策功能，也被称为“行政母法”。为了更好地发挥这种功能，很多基本法中的规定都比较抽象，侧重于指引。
　　基本法的大量使用，主要有两个方面的理由。一个是社会越来越复杂化、高度化，为了系统化、体系化地制定某一行政领域的政策，需要基本法这样的法律文本形式。另一个是由于基本法有突出的指引方向的特点，方便国会议员在立法中使用2。实际上《科学技术基本法》就是议员立法。
　　实施《科学技术基本法》的这20年里，日本的科学技术投入有了大幅的增加，体制有了显著变化，能力有了相当的提升。2000年以后诺贝尔奖得奖频次的增加，显然和《科学技术基本法》有着密切的关系。
　　(二）科研机构法
　　科研机构法是以科研机构为对象的专门立法，涵盖科研机构设立、组织和活动等的法律，是科研机构设立、组织和开展科研活动的直接法律基础。日本针对科研机构的专门立法主要集中在国立科研机构，日本的国立科研机构是指政府直属的研究机构和国立大学附属的研究机构。
　　日本的政府研究机构依法而设“上至综合科学技术会议设置法，下至政府研究机构的定员，都有相应的法规。设立政府研究机构都要经过国会审议,并通过具体的设置法。有关部门据此法律颁布政令，具体实施。”
　　日本自上世纪90年代中期开始启动对国立科研机构的独立行政法人化改制，赋予其独立的法律人格,分担和履行国家任务，以期能够依照其研究事务的内容和性质，选择最为适当的组织及运营模式。日本政府在1997年12月出台的行政改革会议最终报告中，正式倡议将独立行政法人制度纳入《中央省厅等改革基本法》。此后，1999年2月，日本政府发布了“关于独立行政法人制度的大纲”并于1999年4月27日公布了“关于推进中央省厅改革的方针”。1999年7月颁布并于2001年正式施行《独立行政法人通则法》、《独立行政法人通则法施行之法律整备法》及《总务省设置法》等法律。
　　2001年行政法人化改革时，日本国立科研机构通过统、废、合等手段，全部改制为独立行政法人，现在共有41个。这41个独立行政法人科研机构中的每一个都有相应的法律基础。例如，理化学研究所有《独立行政法人理化学研究所法》、产业综合技术研究所有《产业综合技术研究所法》。这些法律规定了研究所的名称、目的、业务范围等。独立行政法人研究机构在业务经营、资金运用、人事管理等方面享有充分的自主权。主管部门和主管大臣除对其发展目标、计划及经营绩效进行必要的审查、评估之外,一般不干涉其正常业务活动。
　　此后,2008年日本制定《研究开发力强化法》,41个独立行政法人科研机构中的32个被定位为研究开发法人。2009年12月，成立了半官方的“国立研究开发法人制度恳谈会”。2010年2月，在综合科学技术会议基本政策专门调查会下设立的“研究开发制度工作小组”正式启动，国立研究开发行政法人制度作为该工作小组的一项重要内容予以研究。
　　2012年1月20日，日本内阁发表了《独立行政法人制度与组织的重新审视的基本方针》，把现有的103个独立行政法人进一步分类为“成果目标达成法人”和“行政执行法人”。第一类法人是成果目标达成法人，研究开发型法人属于这一类。第二类法人是国家行政任务执行法人，有非常强的行政辅助色彩。根据这个“基本方针”，日本的研发体制要发生一些较大的变化。比如，文部科学省管辖的5个重要研发机构，物质与材料研究机构、防灾科学技术研究所、科学技术振兴机构、理化学研究所、海洋研究开发机构，将合并为一个成28果目标达成型独立行政法人。经济产业省管辖的三个重要的研发机构经济产业研究所、产业技术综合研究所、信息处理推进机机构将合并为一个成果目标达成型独立行政法人。国土交通省管辖的五个重要的研发机构，土木研究所、建筑研究所、海上技术安全研究所、湾岸空港技术研究所、电子航法研究所，将合并为一个成果目标达成型独立行政法人。这样，日本开发型独立行政法人由现在的32个将减少为11个。但是，由于2012年12月自民党取代民主党执政，民主党制定的这个方针恐怕难以继续执行下去了。
　　科研机构法中比较特别的一个法律是《国立大学法人法》。2004年，旨在减少国家财政开支、增强国立大学自主性、激发国立大学内部活力的《国立大学法人法》开始实施。法人化后，各国立大学由文部科学省的直属机构变为独立的法人实体,在预算、组织、营运等方面拥有更大的自主权;教职员工非公务员化，可以更加自由地开展校外活动。该法为国立大学开展产学研合作创造了更加宽松、更加自由的条件。国立大学在拥有了更多的自主权之后，其运营方式正在发生一系列变化，拥有超出作为政府下属机构的自主权和活力的国立大学正在以更加灵活的方式进行产学合作等活动。
　　(三）研究开发管理法
　　研究开发管理法是针对研究开发行为或活动的法律。截至2009年8月1日，日本有效实施的1796个法律中有571个含有“研究”一词，约占总数的三分之一。这571个法律可以分为“促进性法律”和“规制性法律”两类,规制性法律有33个，约占和研究有关法律的6%。因为，日本宪法中有“保障学问自由”的规定，所以,研究开发管理法的重点是在研究开发的规制方面。研究开发规制可分为针对研究手段的规制和针对研究内容的规制。