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　　1.综合科学技术会议
　　在日本的行政体制改革中，成立了综合科学技术会议，作为日本科学技术政策最高咨询机构。综合科学技术会议以抓宏观政策为工作重点，研究和决策科技发展的大方针，决定国家的重大研究领域。它以高于政府各部门的立场，高瞻远瞩地制订综合性的科技政策，并可以对各省厅全面进行协调。
　　综合科学技术会议还是政府、行政部门与学术界、产业界之间的一条纽带。因为在历届日本政府综合科学技术会议的成员中，都至少有两名来自企业的成员、两名来自大学的成员。这样的人员构成保证了管产学之间的高层密切联系。
　　此外，根据综合科学技术会议的决定,设立一些专门调查会，向综合科学技术会议提出和建议各领域的研究战略和方针等，这对日本开展科学研究也产生重要的影响。现在的专门调查会有基本政策专门调查会、评价专门调查会、知识产权战略专门调查会。
　　2.文部科学省
　　对日本科技行政体制影响最大的改革举措当属将原文部省与科技厅合并为文部科学省。新成立的文部科学省的科学政策旨在改善大学的科研环境与条件,促进国立大学和国立研究所之间更紧密的合作，推动官、产、学联合。这一举措受到了日本科技界的普遍欢迎。
　　3.独立法人化
　　科技体制改革中的独立法人化是指国立科研机构独立行政法人化和国立大学独立法人化，关于这两点，在研究机构法中已有论述，在此不再重复。
　　4.政策评价
　　在行政改革的同时，日本政府彻底导入了政策评价制度。日本政府于2001年6月制定了《关于行政机关实施政策评价的法律（评价法）》并于2002年4月开始正式实施。该法律附则第2条规定“政府应在法律实行3年后对实施状况进行检查,根据结果采取必要的措施”。日本政府据此又于2005年修改了《政策评价基本方针》和《关于政策评价的标准指针》。
　　《评价法》规定了政策评价的基本事项，归纳起来主要有三个方面：（1)政府各部门必须适时把握所管辖政策的效果，从必要性、效率性和有效性等视角进行自我评价，并将评价结果反映到相应的政策上。（2)在政府制定的关于政府总体的政策评价的基本方针的基础上，各部门要制定中期基本计划和每年的实施计划，对政策评价的结果要编制评价报告予以公布。（3)为保证政策评价的统一性、综合性和更加严谨的客观性，总务省要对政府各部门的政策进行评价。
　　政策评价的实施主体为政府各部门和总务省。政府各部门从政策的规划、立案和实施的角度对所管辖的政策进行自我评价。为加强领导和彻底贯彻落实政策评价，并将其结果反映到政策的规划与立案中去，政府各部门均建立起相应的领导机制，设立由大臣或政务次官为首的政策评价会议等，对相关重要事项进行审议。评价的具体实施则由政府各部门的专业司局进行，再由部门中设立的专门负责政策评价的处室进行综合归总。评价结果要向大臣等政府部门的领导报告，经审定后向社会公布。在评价的过程中必须广泛听取外部有识之士和国民的意见，以保证评价的客观性。
　　文部科学省的业务范围涉及国立大学法人和部分独立行政法人研究机构的教学和研究开发,还直接管辖部分国家重点领域的研究开发计划。故其负责实施的科技评价亦全面而广泛，涉及国立大学法人和独立行政法人研究机构的机构评价、本部门所辖事业的政策评价、竞争性资金计划评价和研究开发项目评价等各个层面。
　　(三）实施知识产权战略，切实保证研发权益
　　2002年2月14日，日本首相小泉纯一郎在向
　　国会所作的国情咨文中宣布实施“知识产权战略”。这是全世界第一个以国家名义发布的知识产权战略，旨在保护研发成果，激励研发能力的提升。
　　和科学技术推进措施相似，在宣布“国家知识产权战略”之后，迅速制定了《国家知识产权基本法》(2002年10月）。在《国家知识产权基本法》的要求下，成立以首相为本部长的知识产权战略本部。知识产权战略本部制定“知识产权推进计划”，具体落实国家知识产权战略。自2003年起,知识产权战略本部每年发布知识产权推进年度计划，至今为止的每个推进计划基本都涉及知识产权创造、保护、活用、人才等方面，都明确提出每个方面的具体推进措施和标明负责的相应政府部门。知识产权战略为保护和推进科学技术创新能力，发挥了重要作用。
　　以iPS细胞（多功能细胞）为例,iPS细胞的再生医疗技术由京都大学的山中伸弥教授带领的研究组在世界上首次研发成功，在各方面都有明显的应用前景，日本政府和社会都对这项技术抱有巨大期望《知识产权推进计划2008》明确提出了为实现iPS细胞研究成果的知识产权化、商用化，构建全国范围内的国家支援体系。
　　(四）实施推进研发成果实用化的法律制度，全力推进研发成果进入经济过程
　　为了促进研发成果对经济发展的贡献，日本在制定、实施《科学技术基本法》后，陆续制定和实施了《大学等技术转移法》（1998年)、《产业再生措施法》（1999年)、《产业技术强化法》（2000年)、《3年内1000家大学新创企业计划》（2001年），这些法律、制度在促进科学技术进入经济过程的同时，也密切了科学技术界和产业界、经济界的关系，进一步激发了提升研发能力的热情，也提高了研发立项的精准度。