当然,无论是在历史制度主义之内还是之外,已经有一大批政治科学家看到了历史制度主义自身目前也存在着一些重要的缺陷,有些缺陷甚至还带有致命伤。伊玛格特对历史制度主义进行了深入的反思,在她看来,首先是历史制度主义的有关分析中可能潜在地存在着某种出错的可能性。因为历史制度主义在理解结构对行为的影响与塑造作用时常常会转向历史分析,但是到目前为止的历史分析还主要是一种在少数国家之间展开的比较一历史分析,很可能只是从某些局部的现象中提出自己的结论。在缺乏大规模比较一历史分析的情况下,历史制度主义的研究结论就无论如何都有值得怀疑的地方,并且极有可能陷入某种历史"叙述"而缺乏深入的分析;第二,历史制度主义在解释个体的政治行为时,借用了一些后现代主义哲学中的解释学方法,这种以结构面貌出现的解释方法实际上是起到了一种解构作用,即历史制度主义只对事件进行解释的做法,在对主流的分析范式提出有力挑战的同时,自身的理论构建又明显不够。其最明显的表现就是它们都把不平等视为政治生活中的一种天然现象,但并不打算为此而提出积极解决的途径;第三,与第二个问题相关的是,历史制度主义的历史结构分析的典型做法就是反对提出普适性的理论,这种做法虽然为历史制度主义的解释带来了一定的力度,但同时又会妨碍它们去进行系统的知识积累。布林德。阿利(BlindAlley)也提出,历史制度主义一方面一再强调政治制度的重要性,另一方面又提出制度不是影响政治结果的惟一原因,这就使得在它们的分析之中有时候很难区分到底是制度因素还是非制度因素在确切地影响着某一政治后果;最后,正如其他所有的科学流派一样,在历史制度主义内部也仍然存在着一些重大分歧,不同的历史制度主义者在考虑将分析的重心到底是放在制度上、历史上还是解释上,到底是坚持理性人的假设、文化人的假设还是制度人的假设等问题上都还未完全达成统一的意见。但是,正如伊玛格特所说的那样,无论如何,历史制度主义为政治科学提出了一种独到的分析范式,这种分析范式能够在一定程度上弥补传统政治科学的不足,这是一个既定的事实。由于历史制度主义本身还是一个未完全定型的流派,这一系列问题的存在并不妨碍其成为一个政治科学的有效分析范式,有些缺陷也有可能在未来的发展中得到解决。
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