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　　学科的研究过程，易于把现有的学科不断深化、不断细化，由此学科的系统性和稳定性会越来越坚固、越来越精致。问题的研究是按照社会现实的要求设定的，它既不可能以学科的先验划分为依据，也不可能恰好对应于一个或几个学科的范围。问题的研究具有极为广泛的学科的综合性，是以问题本身的需要来组织不同学科的学者的研究过程。因此，在高校强调跨学科研究，着力要解决的是问题的研究在高校存在的必要性和合理性。不能以问题的研究来取代学科的研究，但是也不能把高校的人文社会科学固化在学科的研究上，而不进行问题的研究。后者毕竟是社会的需要，是人文社会科学发展的根本方向和价值所在。
　　学科的研究和问题的研究是可以结合的，实现这种结合要澄清两个方面的认识。一方面，要理解学科有其系统性，也有其局限性。这个局限性就是，随着学科的不断细化，它的研究对象越来越局部化。也就是说，学科的研究范围越来越小，与对象整体性的反差就越来越大。学科的研究过于精细，通俗地讲，就是越来越类似“钻牛角尖”，这样下去就可能会舍去整体而只顾局部。另一方面，问题的研究不是按照学科体系而是按照社会发展需要提出来的，问题的研究本身具有综合性，这就决定了其在起点上就有着跨学科的综合性研究的规定。问题的研究有其综合性，但也有其模糊性。也就是说，它不按学科的边界设定研究范围，不仅研究过程是跨学科的，而且还会产生一些边缘学科、交叉学科和新兴学科。其实，边缘学科、交叉学科和新兴学科并不产生于学科的研究中，而是由问题的研究的综合性和模糊性的特点发展而来的。关于跨学科研究，要搞清楚是学科的研究还是问题的研究，抑或两者并行、结合的问题。强调跨学科研究，不能舍弃学科的研究，要通过问题的研究来扩大和推进学科的研究和跨学科研究的路径。
　　第二是跨学科研究的过程形式。在人文社会科学具体学科的研究上，人文学科较多强调的是个体研究，社会科学一直以来就较为注重团队研究，这是各自的学科特点决定的。对于问题的研究来讲，首先面临的问题，就是人文社会科学如何从学科个体研究的习惯转向团队研究的形式。显然，在一些以问题为导向的重大课题的研究中，人文学科学者融合的难度较大，社会科学学者的融合就较容易些。在以问题为导向的研究过程中，特别需要关注如何顾及人文学科或者个体研究的这种特色，怎样对社会科学固有的团队特性设计更为合理的研究过程。扬学科的研究中个体研究和团队研究各自之长，避学科的研究中个体研究和团队研究之短，形成问题的研究的过程形式，实在是人文社会科学研究方法和研究方式的一场变革。
　　第三是研究者的个人禀赋。对于问题的研究来说，研究者兼备科技文化和社会文化当然是最为理想的状态。但是，面对学科越来越细化、越来越细分的现实，任何个人都不可能成为通晓科技文化和社会文化的学者，也不可能成为通晓人文学科和社会科学的学者，甚至连成为通晓人文学科或社会科学所涵盖的各学科的“全才”学者也己经不可能了。我们现在痛惜“大师”的消失，实际上认可的是传统意义上的“大师”。传统意义上的“大师”是在传统学科基础上产生的，那时的“大师”广博有余而精深不足。就广博而言，传统意义上的“大师”在数个学科多有建树，那是建立在学科还没有细分、划分还十分粗陋基础上的。现在再产生这样的“大师”几乎不可能了。现在的“大师”也许应该以精深为主，而兼有广博。以经济学为例，亚当。斯密可以说是经济学“大师”，在他那个年代，他既懂理论经济也懂应用经济，既懂财政也懂税收，既懂政府经济也懂企业经济。但是，经济学发展到现在，在世界上也许找不到一个可以和亚当。斯密这样通晓全部经济学的“大师”了。这不是“大师”消失了，而是传统意义上的“大师”不再可能产生了。
　　正是由于当代学科的发展，就不能再要求个人既懂自然科学又懂人文科学或社会科学，也许只能要求个人具有通识意义上的科技文化和社会文化背景。对于现代学者，其学习和研究只可能根据学科发展和科学研究的学术分工，在某一个细小的界域有所作为。假如要求学者个人在广博上有突出绩效，就只能在精深上作出让步，在既定学科的尖端和前沿上作出牺牲。从学者的个人禀赋而言，不能要求一个学者通晓自然科学、人文学科和社会科学，但可以要求其有相当的科学素质和人文素质。针对教育的状况，应该在强调学科专业学习研究的同时，注重通识教育。现在的教育特别是高等教育，学科专业教育过强，应该把专业教育和通识教育有机地结合起来。
　　由此产生的现实状态便是，我们倡导的跨学科研究，不是建立在单个学者个人禀赋的多学科基础上，而是以多个学者群体性禀赋的多学科和跨学科为基础。只有多个学科的研究者的结合，才能形成跨学科研究的知识基础。在这意义上，“斯诺命题”的破解在于学者的团队资源的优化配置，在于科学发展中团队研究取向的蔚然成风。
　　第四是人文社会科学研究的组织与管理形式。在跨学科研究中，有两个导向问题需要解决:一个是社会导向，另一个是环境导向。
　　社会导向是指，无论学科的研究还是问题的研究，既要讲学术民主，更要讲学术自由。我们现在学术民主运用过度，抵消甚至取消了学术自由的空间。实际上，学术民主的适用性是有限度的。当下体现学术民主的情况很多，如申报课题要通过专家评审、最后投票决定，少数服从多数，多数专家的票决决定课题立项的指向。再如学术成果评奖，也是以多数人的意见为主导。但是过度的学术民主，有时也会走向它的反面。